Fatta eccezione per la broncoscopia che consente uno studio mirato per lesioni spesso già dimostrate con altre metodiche, l'endoscopia digestiva riveste invece un ruolo quasi occasionale nella diagnosi dei NET, a causa della bassa incidenza della malattia nel tratto digestivo esplorabile e per l'assenza di caratteristiche macroscopiche tipiche della malattia.
L'endoscopia digestiva ha invece una parte importante nella veste "interventistica", rivelandosi terapeutica nei casi di NET (primitivi) di piccole dimensioni e con basso grado di malignità (ECL del fondo gastrico, gastrinoma gastro-duodenale, carcinoide trabecolare del retto).